Sammen med sin partner Chuck Aule, kommer Teddy Daniels til Shutter island for å finne en pasient som har rømt fra Ashecliffe-sykehuset, et sykehus for kriminelle sinnssyke. Ting er ikke imidlertid ikke det de synes å være ved sykehuset, og Teddy Daniels seiler kanskje også under falsk flagg. Er han egentlig kommet for å finne pasienten, eller skal han undersøke ryktene om eksperimentell behandling? Teddy og Chuck begynner å tro at de aldri kommer til å forlate Shutter island, for noen prøver å drive dem fra vettet.