På Fordham University mottar professor Fr. Joseph Romano en anonym telefon som tilbyr ham et ukjent evangelium skrevet av James, Jesu kjødelige bror. Når han ankommer Grand Sentral Station for å møte den mystiske innringeren, lyder et skudd, og Romano blir viklet inn i en årtusengammel konspirasjon, som vil true alt den kristne kirke bygger på.

Offeret for skuddet, Brittany Hamar, er professor i moderne teorier innen religion. Hun holder på å skrive en bok som stiller seg kritisk til den kristne versjonen rundt Jesu fødsel, korsfestelse og oppstandelse. Romano og Britt blir fanget i en hvirvelvind av død og forvirring når Jesuitt-prester fra Spania, USA og Skottland blir funnet drept, med Jesu sårmerker. De er overbevist om at deres forskning omkring utviklingen av den ortodokse kristendomen er nøkkelen til å oppklare mordene på Jesuitt-prestene og mordforsøket på Britt. Sammen finner de historiske tråder som leder til en hemmelig organisasjon, Rex Deus, som skal beskytte Le Serpent Rouge, et antatt blodsbånd til Kristus.

I jakten på sannheten og for å sette en stopper for myrderiene, kommer Fr. Romano og Britt til Wien, der de oppdager en sammenheng mellom det hemmelige Rex Deus og mektig europeisk aristokrati.