Emil Bernhardt har studert utøvende fiolin og komposisjon ved Barratt Dues Musikkinstitutt og Norges musikkhøgskole. Han har mastergrad i filosofi fra Universitetet i Oslo, og doktorgrad i oppføringspraksis fra Norges musikkhøgskole. Fra 2020 til 2023 var han postdoktor ved RITMO Senter for tverrfaglig forskning på rytme, tid og bevegelse, Universitetet i Oslo. Han er for tiden ansatt ved Nikolaus Harnoncourt Zentrum (NHZ) ved Anton Bruckner Privatuniversität i Linz, Østerrike. Emil Bernhardt har siden 2012 vært fast kritiker for klassisk musikk og samtidsmusikk i Morgenbladet.
